Осень - самое противоречивое время года. С одной стороны красиво: всё вокруг украшено позолотой в Конохе, так как деревьев вокруг растёт больше, чем где-нибудь ещё. Как никак, деревня, скрытая в листве. Это единственное, что никогда не поменяется здесь, в то время как сама Коноха неоднократно подвергалась разрушению с разных сторон. Но жизнь не стоит на месте: деревня почти полностью отстроена с момента её разрушения Пеином (Нагато), и почти всё вновь пошло своим ходом. Тем временем, в парке Конохи, тоже проходит некоторая активность, хотя людей здесь очень мало (осень, как никак). Глаза, которые могли видеть только тьму, наконец увидели свет. Итачи снова здесь - в деревне Скрытого листа. Последний его визит здесь был не в добрых целях, да и ушёл он с репутацией убийцы за спиной.
- Сколько времени прошло с тех пор. Я здесь снова. Надеюсь, деревня примет меня, как своего жителя, - размышлял в голове Учиха, одновременно активируя Шаринган, - Хм.. Так мало людей, но я вижу несколько чакр здесь. Что же, узнаем людей поближе.

Цитата :

деревня почти полностью отстроена с момента её разрушения Пеином (Нагато) и почти всё вновь пошло своим ходом

Запятая между частями сложного предложения.

Цитата :

некотарая активность

Опечатка. Поправить.

Цитата :

(осень как никак)

"Как-никак" здесь служит вводным словом. Обособить запятыми.

К тому же, выделить фрагменты текста: мысли и прямую речь, так, как подобает.
Продолжай заполнять тему.

Всмотревшись в один из источников чакры, Итачи нашёл в нём что-то знакомое, как-будто между ним и этой особой было что-то общее или похожее, но никак не мог понять что именно. Это особенно заинтриговало Учиху:
- Неужели я найду человека, с которым я действительно смогу найти общий язык, а может быть это чья-то уловка, и кто-то знает, что я здесь. Впрочем, неважно. Надо подойти и спросить.
Медленными шагами, Учиха подходил к девочке: кто знает, что может случиться. Расстояние сократилось до пары метров и именно в этот момент Итачи решил завести разговор:
- Здравствуйте. Что, такая одинокая девушка как Вы, делает одна в парке? - Итачи чувствовал некую неуверенность в своих словах, так как хотел сказать совершенно другие слова. Как никак Учиха был шпионом и его прошлое давали о себе знать. Небольшой и несильный порыв ветра развевал чёрные волосы мастера гендзюцу, что придавало его образу некую загадочность.

Цитата :

Медленными шагами Учиха подходил к девочке

Там нет запятой. Правила пунктуации такого не существует)

Цитата :

Расстояние сократилось до пары метров, и именно в этот момент Итачи решил завести разговор

А вот тут запятая нужна. Разделяющая две части сложного предложения.

Цитата :

Что такая одинокая девушка как Вы делает одна в парке?

"Одинокая девушка одна в парке". Не стоит ли заменить?
К тому же, запятые после "что" и после "Вы" лишние.

Цитата :

неуверенность в своих словах, так как хотел сказать совершенно другие слова

"Слова - слова". Замени слова)

Цитата :

Как никак, Учиха был шпионом, и его прошлое давало о себе знать

Во-первых, "как-никак" - вводное слово. Обособляем.
Во-вторых, вновь поставить запятую между частями сложного предложения.
В-третьих, грамматическая форма второй части предложения неверная. Прошло (что делало?) - давало знать.


Продолжай кидать посты в тему.